Wie zou deze mysterieuze persoon kunnen zijn? Het antwoord ligt op het onbekende eiland dat verborgen ligt voor de buitenwereld. Om de identiteit van het brein te achterhalen en zijn enorme rijkdom te stelen, worden Lupin en zijn crew, evenals inspecteur Zenigata, die hen probeert te vangen, naar dit mysterieuze eiland geleid. Het eiland is gehuld in mysteries, met oude afgedankte tanks en vuurwapens en vreemde, mysterieuze bewoners. Vermoedelijk wachten de dode moordenaars uit zijn verleden daar op Lupin en zijn vrienden. Na talloze aanvallen te hebben afgeslagen, vindt Lupin uiteindelijk de ‘brein’ achter dit alles. Zijn naam is ‘Muom’ en zijn enige doel is om de mensheid op aarde uit te roeien. Hij wil Lupin uitschakelen, omdat die hem belemmert in het bereiken van dit doel. Muom bemoeit zich met de missie en rekent snel af met de moordenaars uit het verleden die op jacht zijn naar Lupin. Dankzij zijn onsterfelijkheid kan Muom levend worden verbrand en kogels rechtstreeks in zijn hoofd weerstaan. Achter Muom doemt de schaduw op van een man die zichzelf ‘God’ noemt... Het is nu aan Lupin om Muom te verslaan om de wereld te redden, maar er trekt een giftige mist op die Lupin slechts 24 uur de tijd geeft om te overleven. Helaas bezwijkt Lupins lichaam langzaam aan het gif... In een wanhopige situatie die onmogelijk lijkt, moet Lupin het opnemen tegen zijn grootste vijand in zijn leven!